Manos Unidas se fundó para la ayuda, promoción y desarrollo en los países del Sur. Los ingresos provienen, en un 89,6 %, de fuentes privadas y en un 10,4 % del sector público. Según la memoria del año 2.013, los ingresos de Manos Unidas se elevaron a 44.236.617 euros. El elevado porcentaje de aportaciones privadas, tradicional en la organización, permite tomar decisiones basadas en la independencia.
Los socios, con un 39,1 % de las aportaciones, son el pilar sobre el que se fundamenta Manos Unidas. Personas y entidades de toda España aportan su dinero, en cantidades muy diversas y con diferente regularidad, para impulsar el desarrollo en los países del Sur a través de Manos Unidas.
Como parte integrante de la Iglesia Católica, Manos Unidas recibe un porcentaje importante de sus recursos. La colecta anual que realizan las parroquias españolas a favor de Manos Unidas el segundo domingo de febrero, junto con las donaciones de otras entidades religiosas, supusieron, en 2013, el 23,9 % de los ingresos.
Las herencias y legados fueron otro capítulo relevante de los ingresos de Manos Unidas en 2013: ascendieron a 7.132.591 euros, cifra que representa el 16,3 % del total de ingresos. Los alumnos, profesores y padres de los colegios españoles recogieron para el Tercer Mundo, a través de diversas actividades 1.238.727 euros, lo que representa un 2,8 % del conjunto de los ingresos de Manos Unidas.
Los ingresos del sector público corresponden a las subvenciones concedidas a Manos Unidas por organismos oficiales solicitadas por el Departamento de Cofinanciación a las Administraciones para financiar proyectos de desarrollo. De estos ingresos, Manos Unidas rinde cuentas a las mismas administraciones que los conceden: la Agencia Española de Cooperación Internacional al Desarrollo, las comunidades autónomas, diputaciones y ayuntamientos. Este capítulo representa el 10,4 % de los ingresos.